Osmanlılar da, Avusturyalılar da art arda yapılan bunca savaştan dolayı sosyal ve ekonomik yönden çok yıpranmışlardı. Daha önce yapılan barış görüşmelerinden bir sonuç çıkmamıştı. Ancak 11 Kasım 1606’da Estergon-Komorin arasında Zitva suyunun TunaIrmağına döküldüğü yerde imzalanan Zitvatorok Antlaşmasıyla barış sağlandı.
Antlaşmaya göre Eğri, Estergon, Kanije kaleleri Osmanlılarda, Raab (Yanıkkale) ve Komarom kaleleri Avusturyalılarda kalacaktı. Avusturya bir kereye mahsus olmak üzere 200.000 altın savaş tazminatı ödeyecekti. Avustuya Arşidükü protokolde Osmanlı Padişahına eşit sayılacak ve Osmanlı padişahı Avusturya Arşidüküne yazışmalarda Kutsal-Roma İmparatoru (Cesar/Kaiser) unvanıyla hitap edecek, her üç yılda bir karşılıklı armağanlar gönderilecekti. Avusturya’nın Macaristan için ödemekte olduğu yıllık 30.000 altın vergi ise kaldırılacaktı. Zitvatorok Antlaşması, Osmanlıların lehine gibi görünse de Osmanlı Devleti artık eski gücünde değildi. Bu antlaşma ile Osmanlı Devleti’nin Avusturya karşısındaki üstünlüğü sona ermiş, siyasi dengeler Osmanlı aleyhine bozulmaya başlamıştır.