Sultan İbrahim’in bir süre sonra annesini devlet işlerine karıştırmamaya başlaması hatta eski saraya gönderme isteği karşısında nüfuzu kırılır gibi olmuşsa da, bu sıralarda İbrahim’in tahttan indirilerek yerine çocuk yaştaki Şehzade Mehmed’in padişah olması, Kösem Sultan’ın durumunu yeniden güçlendirmiştir. Neticede Kösem Sultan, dört padişah döneminde devletin en etkili kişisi olmaya devam etmiştir. Bu dönemde herkes kendisine “vâlide-i muazzama” diyerek saygı göstermiştir.
Kösem Sultan’ın bu kadar güçlenip nüfuz kazanması ağaların yardımıyla olmuştur. Öncelikle Harem ve Dârüssaade ağalarını, akabinde de Yeniçeri ağalarını arkasına alarak idareyi yönlendirmiş, kendisine karşı olabilecek bütün güç odaklarını onlar vasıtasıyla bertaraf etmiştir.